Большой Московский Собор 1666 года осудил и низложил Патриарха Никона. Для царя Алексея Михайловича, не желавшего более противостояния с главой Церкви,  наиболее  приемлемым кандидатом виделся архимандрит Троице-Сергиевой лавры Иоасаф. Человек пожилой, кроткий и абсолютно чуждый честолюбивых амбиций. Поначалу Иоасаф отказывался занять Первосвятительскую кафедру,  ссылаясь на преклонный возраст,  малую ученость и отсутствие опыта. Но, вняв слезным просьбам государя, в конце концов, согласился.

Во исполнение решений Собора по старообрядцам, новый Патриарх повелел лишать приходов и предавать суду священников, которые отказывались служить по новым богослужебным книгам.

При Патриархе Иоасафе II была восстановлена  традиция произнесения проповедей за богослужением, продолжилось печатание книг, строительство монастырей и храмов.

Изографам новый Патриарх повелел писать иконы благолепно и не попадать под влияние западноевропейских живописцев, священнослужителей не благословил присутствовать на свадьбах, если в них участвовали скоморохи, а всем жителям страны  запретил  торговать и посещать суды в дни церковных праздников.  

Патриарх Иоасаф II управлял Русской Церковью пять лет. Умер в 1672 году и был погребен в Успенском соборе Московского Кремля.